براساس اساسنامه سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها، ریاست مجمع عمومی این سازمان به دکتر محمود احمدی نژاد رئیس جمهوری واگذار شد.
به گزارش مهر هیئت وزیران اعضای سازمان هدفمند کردن یارانه ها را تعیین کرده است. بر این اساس، ریاست مجمع عمومی سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها با دکتر محمود احمدی نژاد رئیس جمهوری است و معاون اول رئیس جمهور، نایب رئیسی مجمع را برعهده دارد. 9 وزیر، 4 معاون رئیس جمهور به همراه رئیس کل بانک مرکزی، دیگر اعضای این مجمع را تشکیل می‌دهند.
تعیین مدیرعامل ، دیگر اعضای هیئت مدیره و بازرسان باید با تصویب مجمع عمومی صورت گیرد. همچنین تعیین و تصویب خط مشی و برنامه‌های کلان سازمان هدفمند سازی یارانه‌ها برعهده مجمع عمومی است.
پس از تائید اساسنامه سازمان هدفمندی یارانه ها در شورای نگهبان، وزارت رفاه و تامین اجتماعی از طرف دولت مامور شده است نسبت به تشکیل این سازمان اقدام کند.
همچنین اخیرا رئیس جمهور با پیشنهاد وزیر رفاه و تامین اجتماعی برای انتصاب بهروز مرادی ( معاون وزیر رفاه ) به عنوان مدیرعامل سازمان هدفمندی یارانه ها موافقت کرده است.
سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها ماهیت شرکت دولتی داشته و دارای شخصیت حقوقی و استقلال مالی و اداری است و تمام سرمایه آن متعلق به دولت است.
